Après des études de 1er cycle en études anciennes à l’Université Laval (1988), Patrick Baker poursuivit à la maîtrise en histoire (histoire et épigraphie grecques), toujours à l’Université Laval (1991; une année d’échange à l’Université de Nancy II, 1989-1990). Il enchaîna ensuite au doctorat en sciences historiques et philologiques à l’École pratique des hautes études, 4e section, Paris (1996). Effectuée sous la direction de Philippe Gauthier, la thèse demeurée inédite s’intitule La défense de la cité en Ionie à la période hellénistique. Engagé en 1998 à l’Université Laval, il a été nommé professeur titulaire en juin 2007.
Historien de la Grèce ancienne, particulièrement de l’histoire des institutions militaires dans les cités grecques, Patrick Baker s’intéresse plus largement aux problèmes politiques et sociaux des cités hellénistiques. Il les étudie spécialement à partir du matériel épigraphique, c’est-à-dire des inscriptions gravées sur pierre. Ces témoignages, qui enrichissent considérablement la documentation littéraire traditionnelle, constituent les principales sources pour l’histoire de certaines périodes ou de certaines régions. En effet, la découverte régulière de sources épigraphiques sur les nombreux chantiers archéologiques de l’Orient méditerranéen permet de renouveler les problématiques abordées par les historiens, quel que soit leur axe privilégié d’investigation. Ces sources contribuent à faire des périodes hellénistique et impériale, notamment en Asie Mineure, un créneau porteur de la recherche sur le monde grec antique.
En 2001, associé à Gaétan Thériault (UQAM), il a mis sur pied la Mission épigraphique canadienne de Xanthos-Létôon (Turquie), dont les travaux s’effectuent conjointement à ceux de la Mission archéologique française de Xanthos-Létôon, dont le directeur est Jacques des Courtils (U. Bordeaux III). Plusieurs fois subventionné (FCAR, FQRSC, CRSH), ce projet a pour objectif à long terme la réalisation du corpus commenté des inscriptions grecques et latines de Xanthos et de son sanctuaire, le Létôon. Depuis le commencement, les résultats sont encourageants et prometteurs pour la poursuite des travaux. Ils ont en fait largement dépassé les prédictions, même les plus optimistes. En septembre 2007, ils se détaillaient comme suit: redécouverte de 66 des 134 textes publiés dans les Tituli Asiae Minoris (E. Kalinka 1920) et découverte de 788 textes inédits (incluant les textes inventoriés dans les dépôts des deux sites). Depuis l’automne 2003, le projet a évolué. Il a vu naître, au fil des ans, une collaboration plus étroite avec la communauté savante internationale. La participation aux colloques internationaux, les contacts établis à ces occasions, la diffusion des travaux des collaborateurs sur le site Internet de la Mission et l’intérêt grandissant des résultats ont en effet assuré à ce projet une bonne visibilité, qui a en outre conduit à des collaborations, tant au Canada (G. Chamberland, Université Laurentienne) qu’à l’étranger (D. Rousset, EPHE, Paris). Au cours des trois dernières années, le projet a donné lieu à 7 articles et rapports, 1 affiche, 14 communications scientifiques dans des événements nationaux et internationaux, 6 conférences grand public et à la création d’un site Internet.